李杲脾胃论的核心是：“脾胃内伤，百病由生”，“百病皆由脾胃衰而生也”。这是因为脾胃内伤而发病，不能生化气血，气血不足则内不能维持身心的活动，外不足以抗御病邪的侵袭，往往引起疾病发生。其病因主要有：

一、饮食不节：“夫饮食不节则胃病，胃病则气短精神少，而生大热，有时而显火上行，独燎其面。……胃既病则脾无所禀受，……故亦从而病焉”。李氏认为饮食不节则先伤胃，胃伤而后脾病。
    二、劳役过度：“形体劳役则脾病，脾病则怠惰嗜卧，四肢不收，大便泄泻。脾既病则其胃不能独行津液，故亦从而病焉。”李氏认为“劳倦伤脾”，劳役过度，累及肌肉、四肢，先伤及脾，脾虚不能为胃行 其津液，故脾病而胃亦同时受病。
    三、情志内伤：“此因喜怒忧愁，损耗元气，资助心火，火胜则乘其土位，此所以病也。”由于情志内伤，每能引起心火偏盛，火盛必乘土位而损元气，此心火为阴火、壮火，能食气。

四、外感时邪：“肠胃为市，无物不受，无物不入，若风寒暑湿燥一气偏胜，亦能伤脾损胃”。说明外感时邪，也能内伤脾胃。

上述病因损伤脾胃之所以发病，主要是李氏认为有为元气之本，元气是健康之本，元气之充足靠脾胃之气的滋养，若脾胃之气既伤，则元气亦不能充而衰少，元气衰则疾病所由生。正如其所说：“养生当实元气”，“欲实元气，当调脾胃”。

脾胃内伤的主要病机是脾胃气机失调、升降失司。李氏是根据《素问×五常政大论》“阴精所奉其人寿，阳精所降其人夭”的理论加以阐发。首先，李氏云：阴精所奉，谓脾胃既和，谷气上升“，认为脾胃居于中焦，是精气升降运动的枢纽，升则上输于心肺，降则下归于肝肾，因而脾胃健运，脾升胃降，清升浊降，才能气机调和，才能维持“清阳出上窍，浊阴出下窍；清阳发腠理，浊阴走五脏；清阳实四肢，浊阴归六腑”的正常升降运动。若脾胃气虚，升降失常，则内而五脏六腑，外而四肢九窍，都会发生种种病症。其次，李氏又说：“阳精所降，谓脾胃不和，谷气下流”，脾胃气虚，元气不足，清阳不升，则谷气下流，阴火上乘，反之，脾胃之气充足，元气充沛，则阴火自降，其称此阴火为“元气之贼”，且 “脾胃气衰，元气不足，而心火独盛，火者，阴火也，起于下焦，其系系于心，心不主令，相火代之，相火，下焦包络之火，元气之贼也，火与元不两立，一胜则一负”。可见此“阴火”也包括相火，即脾胃气虚的阴火。这种阴火的产生，既可由于饮食不节等原因，损伤脾胃之气所引起，也可由于劳役过度，或情志不宁直接引起，阴火越升，元气越陷，则脾气越不升，谷气越下流，以致气血无所化生，脏腑百骸九窍皆无所养而为病，外邪亦更易乘虚而入为患。

综上所述可以看出，李氏是运用《内经》理论，从脾胃升降失常和气火失调等两个病机，来阐述“火与元气”邪正消长的关系，从而创立以甘温之剂升其阳，补其中，再佐甘寒以泻火。